Het eerste contact tussen beide landen was via handelaren en ontdekkingsreizigers. Later in het midden van de 19e eeuw reisden verschillende vertegenwoordigers van de VS naar Japan om te onderhandelen over handelsovereenkomsten, waaronder Commodore Matthew Perry in 1852 die onderhandelde over de eerste handelsverdrag en de Conventie van Kanagawa. Evenzo kwam in 1860 een Japanse delegatie naar de Verenigde Staten in de hoop de diplomatieke en handelsbetrekkingen tussen beide landen te versterken.
Tweede Wereldoorlog zag de landen het tegen elkaar opnemen nadat de Japanners in 1941 de Amerikaanse marinebasis in Pearl Harbor, Hawaii, hadden gebombardeerd. De oorlog eindigde in 1945 nadat Japan enorme oorzakelijkheden had geleden door de atoombombardementen van Hiroshima en Nagasaki en de vuurbom van Tokio.
Op 14 augustus 1945 gaf Japan zich over, wat leidde tot een bezetting door de zegevierende geallieerden. Bij het verkrijgen van controle over Japan, de Amerikaanse president Harry Truman benoemd tot generaal
Douglas MacArthur als opperbevelhebber van de geallieerde machten in Japan. De geallieerde troepen werkten aan de wederopbouw van Japan en consolideerden de politieke legitimiteit door publiekelijk aan de zijde van keizer Hirohito te staan. Dit mag MacArthur om binnen het politieke systeem te werken. Tegen het einde van 1945 werkten er in Japan ongeveer 350.000 Amerikaanse militairen aan een grote verscheidenheid aan projecten.Onder geallieerde controle onderging Japan een opmerkelijke transformatie die werd gekenmerkt door de nieuwe grondwet van Japan waarin de nadruk werd gelegd op democratische beginselen, onderwijs- en economische hervormingen en demilitarisering die in de nieuwe Japanse grondwet was verankerd. Terwijl de hervormingen plaatsvonden, verlegde MacArthur geleidelijk de politieke controle naar de Japanners, met als hoogtepunt het Verdrag van San Francisco uit 1952 dat de bezetting officieel beëindigde. Dit kader was het begin van een hechte relatie tussen beide landen die tot op de dag van vandaag voortduurt.
De periode na het Verdrag van San Francisco wordt gekenmerkt door een nauwe samenwerking tussen beide landen, met 47.000 Amerikaanse militaire militairen die op uitnodiging van de Japanners in Japan blijven regering. Economische samenwerking heeft ook een grote rol gespeeld in de betrekkingen met de VS, die Japan in de naoorlogse perioden aanzienlijke bedragen aan hulp verleenden, aangezien Japan een bondgenoot werd in de Koude Oorlog. Het partnerschap heeft geresulteerd in de heropleving van de Japanse economie, die een van de sterkste economieën in de regio blijft.