Rampzalige overstromingen op de Gele Rivier gewassen gewassen weg, verdronken dorpelingen, en veranderde de loop van de rivier zodat het niet langer het Grand Canal ontmoette. De hongerige overlevenden van deze rampen begonnen te denken dat hun etnisch-Mongoolse heersers, de yuan-dynastie, had de Mandaat van de hemel. Toen diezelfde heersers 150.000 tot 200.000 van hun Han-Chinese onderdanen dwongen om te komen opdagen voor een enorm arbeidsbureau om het kanaal opnieuw uit te graven en zich bij de rivier aan te sluiten, kwamen de arbeiders in opstand. Deze opstand, de Red Turban Rebellion genoemd, betekende het begin van het einde voor de Mongoolse heerschappij over China.
De eerste leider van de Rode Turbans, Han Shantong, rekruteerde zijn volgelingen voor de dwangarbeiders die in 1351 het kanaalbed aan het graven waren. Han's grootvader was een sekteleider geweest van de White Lotus-sekte, die de religieuze basis vormde voor de Red Turban Rebellion. De autoriteiten van de Yuan-dynastie namen Han Shantong snel gevangen en executeerden hem, maar zijn zoon nam zijn plaats in aan het hoofd van de opstand. Beiden Hans konden spelen op de honger van hun volgers, hun ongenoegen over gedwongen werk zonder betaling voor de regering, en hun diepgewortelde afkeer om geregeerd te worden door "barbaren" van Mongolië. In Noord-China leidde dit tot een explosie van anti-regeringsactiviteiten van Red Turban.
Ondertussen begon in Zuid-China een tweede opstand van de Rode Tulband onder leiding van Xu Shouhui. Het had vergelijkbare klachten en doelen als die van de noordelijke Rode Turbans, maar de twee waren op geen enkele manier gecoördineerd.
Hoewel de boerensoldaten zich oorspronkelijk identificeerden met de kleur wit (van de White Lotus Society) schakelden ze al snel over op de veel gelukkiger kleur rood. Om zichzelf te identificeren, droegen ze rode hoofdbanden of hong jin, die de opstand haar algemene naam gaf als de "Red Turban Rebellion". Gewapend met geïmproviseerde wapens en landbouwwerktuigen, ze hadden geen echte bedreiging mogen vormen voor de door Mongolen geleide legers van de centrale regering, maar de Yuan-dynastie was in onrust.
Aanvankelijk was een bekwame commandant, hoofdraadslid Toghto, in staat om een effectieve strijdmacht van 100.000 keizerlijke soldaten samen te stellen om de noordelijke Rode Turbans neer te halen. Hij slaagde in 1352 en versloeg Han's leger. In 1354 gingen de Red Turbans opnieuw in de aanval en sneden het Grand Canal door. Toghto verzamelde traditioneel een kracht van 1 miljoen, hoewel dat ongetwijfeld overdreven is. Net toen hij zich begon te verzetten tegen de Rode Turbans, leidde de intriges van de rechtbank ertoe dat de keizer Toghto ontsloeg. Zijn verontwaardigde officieren en veel van de soldaten lieten in de steek om te protesteren tegen zijn verwijdering, en de Yuan-rechtbank kon nooit een andere effectieve generaal vinden om de inspanningen tegen de Rode Tulband te leiden.
Eind 1350 en begin 1360 vochten lokale leiders van de Rode Turbanen onderling om controle over soldaten en territorium. Ze besteedden zoveel energie aan elkaar dat de Yuan-regering een tijdje in relatieve rust werd gelaten. Het leek alsof de rebellie zou instorten onder het gewicht van de ambitie van verschillende krijgsheren.
De zoon van Han Shantong stierf echter in 1366; sommige historici zijn van mening dat zijn generaal, Zhu Yuanzhang, hem heeft laten verdrinken. Hoewel het nog twee jaar duurde, leidde Zhu zijn boerenleger om in 1368 de Mongoolse hoofdstad Dadu (Beijing) te veroveren. De Yuan-dynastie viel en Zhu vestigde een nieuwe, etnisch-Han Chinese dynastie genaamd de Ming.