De bakufu was de militaire regering van Japan tussen 1192 en 1868, onder leiding van de sjogoen. Vóór 1192 was de bakufu - ook bekend als shogonate- was alleen verantwoordelijk voor oorlogvoering en politie en was stevig ondergeschikt aan het keizerlijk hof. Door de eeuwen heen breidden de bevoegdheden van de bakufu zich echter uit en werd het in feite de heerser van Japan gedurende bijna 700 jaar.
Kamakura-periode

Te beginnen met de Kamakura bakufu in 1192 regeerden shoguns over Japan, terwijl keizers slechts boegbeelden waren. De sleutelfiguur in de periode, die tot 1333 duurde, was Minamoto Yoritomo, die van 1192 tot 1199 regeerde vanuit zijn familiezetel in Kamakura, ongeveer 30 mijl ten zuiden van Tokio.
Gedurende deze tijd eisten Japanse krijgsheren de macht op van de erfelijke monarchie en hun geleerde hovelingen, en gaven de samurai krijgers- en hun heren - ultieme controle over het land. Ook de samenleving veranderde radicaal en een nieuwe feudaal systeem ontstond.
Het Ashikaga-shogonaat
Na jaren van burgeroorlog, veroorzaakt door de invasie van de Mongolen in de late jaren 1200, Ashikaga Takauji wierp de Kamakura bakufu ten val en richtte in 1336 zijn eigen shogunaat op in Kyoto. De Ashikaga bakufu - of shogonaat - regeerde Japan tot 1573.

Het was echter geen sterke centrale regeringsmacht en in feite was de Ashikaga bakufu getuige van de opkomst van machtige daimyo het hele land. Deze regionale heren regeerden over hun domeinen met zeer weinig tussenkomst van de bakufu in Kyoto.
Tegen het einde van de Ashikaga bakufu, en jaren daarna, leed Japan bijna 100 jaar burgeroorlog, voornamelijk gevoed door de toenemende macht van de daimyo. Inderdaad, de burgeroorlog werd aangewakkerd door de strijd van de heersende bakufu om de strijdende daimyo weer centraal onder controle te krijgen.

In 1603 voltooide Tokugawa Ieyasu deze taak echter en stichtte het Tokugawa-shogunaat - of bakufu - dat 265 jaar lang in naam van de keizer zou regeren. Het leven in Tokugawa, Japan was vreedzaam maar werd zwaar gecontroleerd door de shogunale regering, maar na een eeuw van chaotische oorlogvoering was de vrede een broodnodige onderbreking.
Val van de Bakufu
Toen de VSCommodore Matthew Perry in 1853 in Edo Bay (Baai van Tokio) werd gestoomd en eiste dat Tokugawa Japan buitenlandse mogendheden toegang gaf tot handel, hij leidde onbewust tot een reeks gebeurtenissen die leidde tot de opkomst van Japan als een moderne keizerlijke macht en de val van de bakufu.
De politieke elites van Japan beseften dat de VS en andere landen Japan voor waren op het gebied van militaire technologie en zich bedreigd voelden door het westerse imperialisme. Krachtig Qing China was slechts 14 jaar eerder in Groot-Brittannië door Groot-Brittannië op de knieën gebracht Eerste Opiumoorlog en zou binnenkort ook de Tweede Opiumoorlog verliezen.
Meiji-restauratie
In plaats van een soortgelijk lot te ondergaan, probeerden enkele van de Japanse elites de deuren nog dichter te sluiten tegen buitenlandse invloeden, maar de vooruitzienden begonnen een moderniseringsslag te plannen. Ze vonden het belangrijk om een sterke keizer in het centrum van de Japanse politieke organisatie te hebben om de Japanse macht te projecteren en het westerse imperialisme af te weren.
Als gevolg hiervan, in 1868, de Meiji-restauratie vernietigde het gezag van de bakufu en gaf de keizer politieke macht terug. En bijna 700 jaar Japanse heerschappij door de bakufu kwam plotseling tot een einde.