In bepaalde regio's, zoals Zuid-India, hielden hindoeïstische koninkrijken stand en duwden ze zich zelfs terug tegen het islamitische tij. Het subcontinent werd ook geconfronteerd met invasies door beroemde Centraal-Aziatische veroveraars Genghis Khan, die niet moslim was, en Timur of Tamerlane, wie was.
Deze periode was een voorloper van het Mughal-tijdperk (1526–1857). De Mughal Empire is opgericht door Babur, een moslimprins die oorspronkelijk uit Oezbekistan komt. Vooral onder latere Mughals Akbar de Grote, de moslimkeizers en hun hindoe-onderdanen bereikten een ongekend begrip en creëerden een mooie en bloeiende multiculturele, multi-etnische en religieus diverse staat.
In 1206, een voormalige Mamluk slaaf genaamd Qutbubuddin Aibak veroverde Noord-India en stichtte een koninkrijk. Hij noemde zichzelf sultan van Delhi. Aibak was een Centraal-Aziatische Turkse spreker, net als de oprichters van drie van de volgende vier sultanaten van Delhi. In totaal regeerden vijf dynastieën van moslimsultans tot 1526 in een groot deel van Noord-India
Babur meegesleurd uit Afghanistan om de Mughal-dynastie te stichten.In 1221 vluchtte de sultan Jalal ad-Din Mingburnu zijn hoofdstad in Samarkand, Oezbekistan. Zijn Khwarezmid-rijk was gevallen in de oprukkende legers van Genghis Khan, en zijn vader was gedood, dus vluchtte de nieuwe sultan naar het zuiden en oosten naar India. Bij de Indus-rivier in wat nu Pakistan is, hebben de Mongolen Mingburnu en zijn 50.000 overgebleven troepen gevangengenomen. Het Mongoolse leger was slechts 30.000 man sterk, maar het drukte de Perzen tegen de oever van de rivier en decimeerde ze. Het is misschien gemakkelijk om medelijden te hebben met de sultan, maar het besluit van zijn vader om Mongoolse afgezanten te vermoorden was de onmiddellijke vonk die veroorzaak de Mongoolse veroveringen van Centraal-Azië en daarbuiten in de eerste plaats.
De Chola-dynastie in het zuiden van India had een van de langste afdalingen van alle dynastieën in de menselijke geschiedenis. Opgericht ergens in de jaren 300 BCE, duurde het tot het jaar 1250 CE. Er is geen verslag van één beslissende strijd; integendeel, het naburige Pandyan-rijk groeide eenvoudigweg zodanig in kracht en invloed dat het het oude Chola-staatsbestel overschaduwde en geleidelijk uitdoof. Deze hindoeïstische koninkrijken waren ver genoeg naar het zuiden om te ontsnappen aan de invloed van moslimveroveraars die uit Centraal-Azië kwamen.
In 1290 viel de Mamluk-dynastie in Delhi en kwam de Khilji-dynastie op haar plaats om de tweede van de vijf families te worden die het sultanaat van Delhi regeerden. De Khilji-dynastie zou slechts tot 1320 aan de macht blijven.
Tijdens hun korte, 30-jarige regeerperiode weerde de Khilji-dynastie met succes een aantal invallen uit het Mongoolse rijk af. De laatste, beslissende strijd die Mongoolse pogingen om India te veroveren beëindigde, was de slag om Jalandhar 1298, waarin het Khilji-leger zo'n 20.000 Mongolen afslachtte en de overlevenden uit India verdreef voor goed.
In 1320 greep een nieuwe familie van gemengd Turks en Indisch bloed de controle over het Sultanaat van Delhi, waarmee de Tughlaq-dynastieperiode begon. De Tughlaq-dynastie, opgericht door Ghazi Malik, breidde zich zuidwaarts uit over het Deccan-plateau en veroverde voor het eerst het grootste deel van Zuid-India. Deze territoriale winsten duurden echter niet lang. Tegen 1335 was het sultanaat van Delhi teruggekrompen naar zijn gebruikelijke gebied in het noorden van India.
Interessant is dat de beroemde Marokkaanse reiziger Ibn Battuta als een qadi of islamitische rechter in het hof van Ghazi Malik, die de troonnaam van Ghyasuddin Tughlaq had aangenomen. Hij was niet erg onder de indruk van de nieuwe heerser van India en betreurde de verschillende martelingen die werden gebruikt mensen die geen belasting betaalden, onder meer door hun ogen uit te scheuren of door gesmolten lood naar beneden te gieten keel. Ibn Battuta was bijzonder geschokt dat deze verschrikkingen zowel tegen moslims als tegen ongelovigen werden gepleegd.
Toen de macht van Tughlaq snel afnam in het zuiden van India, haastte een nieuw hindoe-rijk zich om het machtsvacuüm te vullen. Het Vijayanagara-rijk zou meer dan driehonderd jaar vanuit Karnataka regeren. Het bracht een ongekende eenheid in het zuiden van India, voornamelijk gebaseerd op hindoe-solidariteit in het licht van de vermeende moslimdreiging in het noorden.
Hoewel de Vijayanagara veel van Zuid-India konden verenigen, verloren ze al snel het vruchtbare Deccan-plateau dat zich uitstrekt over de taille van het subcontinent tot een nieuw moslimsultanaat. Het Bahmani-sultanaat werd gesticht door een Turkse rebel tegen de Tughlaqs genaamd Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Hij rukte de Deccan weg van de Vijayanagara en zijn sultanaat bleef meer dan een eeuw sterk. In de jaren 1480 ging het Bahmani Sultanaat echter sterk achteruit. In 1512 waren er vijf kleinere sultanaten afgebroken. Vijftien jaar later was de centrale staat Bahmani verdwenen. In talloze veldslagen en schermutselingen wisten de kleine opvolgerstaten de totale nederlaag door het Vijayanagar-rijk te voorkomen. Maar in 1686 kwam de meedogenloze keizer Aurengzeb van de Mughals veroverden de laatste overblijfselen van het Bahmani Sultanaat.
Het Madurai-sultanaat, ook bekend als het Ma'bar-sultanaat, was een ander door Turkije bestuurd gebied dat zich had losgemaakt van het sultanaat van Delhi. Het Madurai Sultanaat, dat ver naar het zuiden in Tamil Nadu ligt, duurde slechts 48 jaar voordat het werd veroverd door het Vijayanagara-koninkrijk.
De veertiende eeuw van de westerse kalender eindigde in bloed en chaos voor de Tughlaq-dynastie van het Sultanaat van Delhi. De bloeddorstige veroveraar Timur, ook wel bekend als Tamerlane, viel Noord-India binnen en begon de steden van Tughlaqs een voor een te veroveren. Burgers in de getroffen steden werden afgeslacht, hun afgehakte hoofden opgestapeld in piramides. In december 1398 nam Timur Delhi in, plunderde de stad en slachtte de inwoners af. De Tughlaqs behielden de macht tot 1414, maar hun hoofdstad herstelde meer dan een eeuw niet van de schrik van Timur.