Op basis van archeologische vondsten is dat gepostuleerd mensachtigen activiteit in Japan kan al op 200.000 dateren B.C. toen de eilanden verbonden waren met het Aziatische vasteland. Hoewel sommige geleerden twijfelen aan deze vroege bewoningsdatum, zijn de meesten het erover eens dat rond 40.000 v.Chr. door de ijstijd waren de eilanden weer met het vasteland verbonden.
Het land van Japan bevolken
Op basis van archeologisch bewijs zijn ze het er ook over eens dat tussen 35.000 en 30.000 v.Chr. Homo sapiens was vanuit Oost- en Zuidoost-Azië naar de eilanden gemigreerd en had gevestigde patronen van jagen en verzamelen en het maken van stenen werktuigen. Op alle eilanden van Japan zijn stenen werktuigen, bewoningsplaatsen en menselijke fossielen uit deze periode gevonden.
De Jomon-periode
Stabielere levenspatronen stegen met ongeveer 10.000 voor Christus. naar Neolithicum of, zoals sommige geleerden beweren, Mesolithicum cultuur. Mogelijk verre voorouders van de Ainu-inheemse bevolking van het moderne Japan, leden van de heterogene Jomon-cultuur (ca. 10.000-300 B.C.) heeft het duidelijkste archeologische record achtergelaten. Rond 3.000 v.Chr. Maakten de Jomon-mensen figuren en vaten van klei, versierd met patronen die waren gemaakt door indruk te maken op de natte klei met gevlochten of niet-gevlochten koord en stokken (Jomon betekent 'patronen van gevlochten koord') met groeien verfijning. Deze mensen gebruikten ook stenen werktuigen, vallen en bogen en waren jagers, verzamelaars en bekwame kust- en diepzeevissers. Ze beoefenden een rudimentaire vorm van landbouw en woonden in grotten en later in groepen van beide tijdelijk ondiepe kuilwoningen of bovengrondse huizen, waardoor rijke keukenmiddens overblijven voor moderne antropologische studie.
Tegen de late Jomon-periode had er volgens archeologische studies een dramatische verschuiving plaatsgevonden. Beginnende teelt was geëvolueerd naar geavanceerde rijstveldteelt en overheidscontrole. Veel andere elementen van de Japanse cultuur kunnen ook uit deze periode dateren en weerspiegelen een vermengde migratie van het Noord-Aziatische continent en de zuidelijke Stille Oceaan. Onder deze elementen zijn Shinto-mythologie, huwelijksgewoonten, bouwstijlen en technologische ontwikkelingen, zoals lakwerk, textiel, metaalbewerking en glasproductie.
De Yayoi-periode
De volgende culturele periode is de Yayoi (genoemd naar het deel van Tokyo waar archeologisch onderzoek plaatsvindt blootgelegd zijn sporen) bloeide tussen ongeveer 300 voor Christus. en 250 n.Chr. van zuidelijk Kyushu tot noordelijk Honshu. De vroegste van deze mensen, waarvan wordt gedacht dat ze van Korea naar het noorden van Kyushu zijn gemigreerd en vermengd met de Jomon, gebruikten ook gereedschap met afgebroken stenen. Hoewel het aardewerk van de Yayoi technologisch geavanceerder was, was het eenvoudiger versierd dan Jomon-aardewerk.
De Yayoi maakten bronzen ceremoniële niet-functionele klokken, spiegels en wapens en, tegen de eerste eeuw na Christus, ijzeren landbouwwerktuigen en wapens. Naarmate de bevolking groeide en de samenleving complexer werd, weefden ze stoffen, woonden ze in permanente boerendorpen en bouwden ze gebouwen van hout en steen, verzamelde rijkdom door grondeigendom en de opslag van graan, en ontwikkelde een uitgesproken sociale klassen. Hun geïrrigeerde, natte rijstcultuur was vergelijkbaar met die van Midden- en Zuid-China, waarvoor zware inputs nodig waren van menselijke arbeid, wat leidde tot de ontwikkeling en uiteindelijke groei van een zeer sedentaire, agrarische samenleving.
In tegenstelling tot China, dat enorme openbare werken en waterbeheersingsprojecten moest uitvoeren, wat leidde tot een sterk gecentraliseerde regering, had Japan overvloedig water. In Japan waren lokale politieke en sociale ontwikkelingen dus relatief belangrijker dan de activiteiten van de centrale autoriteit en een gelaagde samenleving.
De vroegste schriftelijke verslagen over Japan zijn afkomstig uit Chinese bronnen uit deze periode. Wa (de Japanse uitspraak van een vroege Chinese naam voor Japan) werd voor het eerst genoemd in 57 na Christus. Vroege Chinese historici beschreven Wa als een land van honderden verspreide tribale gemeenschappen, niet de verenigd land met een 700-jarige traditie zoals uiteengezet in de Nihongi, waarmee de basis van Japan wordt gelegd 660 voor Christus
Chinese bronnen uit de derde eeuw meldden dat de Wa-mensen leefden van rauwe groenten, rijst en vis die op bamboe en houten dienbladen werden geserveerd, vazal-meester-relaties hadden, belastingen innen, provinciale graanschuren en markten, klapten in hun handen in aanbidding (iets wat nog steeds wordt gedaan in Shinto-heiligdommen), hadden gewelddadige successiestrijd, bouwden aarden grafheuvels en observeerden rouw. Himiko, een vrouwelijke heerser van een vroege politieke federatie bekend als Yamatai, bloeide op in de derde eeuw. Terwijl Himiko regeerde als spiritueel leider, voerde haar jongere broer staatszaken uit, waaronder diplomatieke betrekkingen met het hof van de Chinese Wei-dynastie (220 tot 65 na Christus).