Hoewel bio-industrie omvat veel wrede praktijken, het zijn niet alleen die praktijken die verwerpelijk zijn. Het gebruik van dieren en dierlijke producten voor voedsel staat haaks op de rechten van dieren.
Fabriekslandbouw is de moderne praktijk om dieren in extreme opsluiting voor voedsel te fokken om de winst te maximaliseren. Naast intense opsluiting, omvatten misstanden die gewoonlijk worden geassocieerd met fabriekslandbouw enorme doses hormonen en antibiotica, batterijkooien, debeaking, tail docking, draagkratten en kalfskratten. De dieren brengen hun hele leven door in deze ellendige omstandigheden totdat ze worden geslacht. Hun lijden is onvoorstelbaar.
De fabrieksboeren proberen niet wreed te zijn. Ze proberen de winst te maximaliseren, zonder rekening te houden met het lijden van de dieren.
Fabrieksboerderijen geven niet om individuele dieren. Sommige dieren zullen sterven als gevolg van debeaking, couperen van de staart, ziekte en intensieve opsluiting, maar de operatie is over het algemeen nog steeds winstgevend.
Hormonen zorgen ervoor dat de dieren sneller groeien, meer melk produceren en meer eieren produceren, wat leidt tot hogere winsten. Door een groot aantal dieren die in intense opsluiting leven, kan de ziekte zich als een lopend vuurtje verspreiden. Dieren vechten ook en hebben last van snijwonden en schaafwonden uit hun kooien, dus alle dieren worden behandeld met antibiotica om verliezen door infecties en de verspreiding van ziekten tot een minimum te beperken. Ook veroorzaken kleine, dagelijkse doses van bepaalde antibiotica gewichtstoename. Dit betekent dat de dieren overmedicatie krijgen, waardoor bacteriën resistent worden tegen antibiotica. Zowel de antibiotica als de resistente bacteriën bereiken de consument in het vlees.
Bij intensieve opsluiting vechten zowel menselijke als niet-menselijke dieren meer dan normaal. Een kip ontkalken houdt in dat de bek van de vogel wordt afgesneden, zonder verdoving. De snavels van de kippen worden één voor één in een machine gestoken die eruitziet als een guillotine die het voorste deel van hun snavels afhakt. De procedure is zo pijnlijk dat sommige kippen stoppen met eten en sterven van de honger. Varkens hebben hun staarten gedokt of kort geknipt om te voorkomen dat de varkens elkaars staarten afbijten. De staart is een verlengstuk van de ruggengraat van het dier, maar het couperen van de staart gebeurt zonder verdoving. Beide praktijken zijn erg pijnlijk en wreed.
Eierleggende kippen zijn overvol in batterijkooien om de winst te maximaliseren en leven hun hele leven zonder hun vleugels uit te kunnen slaan. Batterijkooien meten typisch 18 bij 20 inch, met vijf tot elf vogels in een enkele kooi. Een enkele vogel heeft een spanwijdte van 32 inch. Kooien worden in rijen op elkaar gestapeld zodat honderdduizenden vogels in één gebouw kunnen worden ondergebracht. De draadvloeren zijn schuin zodat de eieren uit de kooien rollen. Omdat het voeren en drenken soms geautomatiseerd is, is menselijk toezicht en contact minimaal. Vogels vallen uit kooien, komen vast te zitten tussen kooien of steken hun hoofd of ledematen vast tussen de tralies van hun kooien en sterven omdat ze geen toegang hebben tot voedsel en water.
Een fokzeug zit haar hele leven opgesloten in een kist van stalen staven waar ze zich niet kan omdraaien of haar ledematen kan strekken als ze gaat liggen. De vloer van de kist is van roosters, maar ze blijft staan en zit in het vuil van haarzelf en haar biggen. Ze heeft nest na nest van babyvarkens totdat ze als besteed wordt beschouwd en vervolgens naar de slacht gestuurd. Opgesloten zeugen vertonen neurotisch gedrag, zoals kauwen op de staven van de kist en heen en weer schommelen.
Mannelijke melkkalveren zijn geketend en opgesloten kalfsvlees kratten waardoor ze niet kunnen bewegen of draaien. Ze worden bij de geboorte bij hun moeder weggehaald omdat ze niet nuttig zijn voor de melkproductie. In plaats van moedermelk krijgen ze een synthetische formule die is ontworpen om hun vlees bleek en bloedarm te houden, zoals veel consumenten willen.