Onder de vele keuzes zijn deze vijf vlekken de meest voorkomende, te beginnen met ethidiumbromide, dat het meest wordt gebruikt. Bij het werken met dit proces is het belangrijk om niet alleen de verschillen tussen de vlekken te kennen, maar ook de inherente gezondheidsrisico's.
Ethidiumbromide is waarschijnlijk de meest bekende kleurstof die wordt gebruikt voor het visualiseren van DNA. Het kan worden gebruikt in het gelmengsel, de elektroforesebuffer of om de gel te kleuren nadat deze is uitgevoerd.
Moleculen van de kleurstof hechten zich aan DNA-strengen en fluoresceren onder UV-licht, zodat u precies kunt zien waar de banden zich in de gel bevinden. Ondanks het voordeel is het nadeel dat ethidiumbromide een potentieel kankerverwekkend middel is, dus het moet met grote zorg worden behandeld.
SYBR Gold-kleurstof kan worden gebruikt om dubbel- of enkelstrengs DNA te kleuren of om RNA te kleuren. SYBR Gold kwam op de markt als een van de eerste alternatieven voor ethidiumbromide en wordt als gevoeliger beschouwd.
Omdat de fluorescentie van het ongebonden molecuul zo laag is, is ontkleuring niet vereist. Licentiehouder Molecular Probes heeft ook (sinds de lancering van SYBR Gold) SYBR Safe en SYBR Green ontwikkeld en op de markt gebracht, wat veiligere alternatieven zijn voor ethidiumbromide.
De SYBR Green I- en II-vlekken (opnieuw op de markt gebracht door Molecular Probes) zijn geoptimaliseerd voor verschillende doeleinden. Omdat ze aan DNA binden, worden ze nog steeds beschouwd als potentiële mutagene stoffen en daarom moeten ze voorzichtig worden behandeld.
SYBR Green I is meer gevoelig voor gebruik met dubbelstrengs DNA, terwijl SYBR Green II daarentegen wel het beste voor gebruik met enkelstrengs DNA of RNA. Net als de populaire ethidiumbromidevlek, fluoresceren deze zeer gevoelige vlekken onder UV-licht.
Zowel SYBR Green I als II worden door de fabrikant aanbevolen voor gebruik met "254 nm epi-verlichting Polaroid 667 zwart en witte film en een SYBR Groene gelkleuring fotografiefilter "voor detectie van 100 pg RNA of enkelstrengs DNA per band.
SYBR Safe is ontworpen als een veiliger alternatief voor Ethidium Bromide en andere SYBR-vlekken. Het wordt niet beschouwd als gevaarlijk afval en kan in het algemeen worden afgevoerd via de gewone riolering (d.w.z. in de afvoer), omdat toxiciteitstests aangeven dat er geen acute toxiciteit is.
Testen ook geeft aan er is weinig of geen genotoxiciteit op Syrische hamsterembryo (SHE) -cellen, menselijke lymfocyten, muislymfoomcellen of opgemerkt in de AMES-test. De vlek kan worden gebruikt met een blauwlicht-transilluminator die minder schade toebrengt aan het gevisualiseerde DNA en een betere efficiëntie biedt voor later klonen.
Het is ook een goede keuze als u gels met een laag smeltpunt gebruikt voor het herstel van DNA. Het is zeer stabiel bij hoge temperaturen en heeft op zichzelf een zeer lage fluorescentie, maar is sterk fluorescerend wanneer het aan DNA is gebonden. Van Eva Green is ook aangetoond dat het een zeer lage of geen cytotoxiciteit heeft of mutageniteit.