Het alternatieve aanwezigheidssysteem, of sankin-kotai, was een Tokugawa Shogunate beleid dat vereist is daimyo (of provinciale heren) om hun tijd te verdelen tussen de hoofdstad van hun eigen domein en de hoofdstad van de shogun, Edo (Tokio). De traditie begon eigenlijk informeel tijdens het bewind van Toyotomi Hideyoshi (1585-1598), maar werd in 1635 door Tokugawa Iemitsu wettelijk vastgelegd.
Eigenlijk was de eerste Sankin-Kotai-wet alleen van toepassing op wat bekend stond als de tozama of "buiten" daimyo. Dit waren heren die zich pas na de Slag bij Sekigahara (okt. 21, 1600), wat de Tokugawa-macht in Japan versterkte. Veel van de heren uit verre, grote en machtige domeinen behoorden tot de tozama daimyo, dus ze waren de eerste prioriteit van de shogun om te beheersen.
In 1642 werd sankin-kotai echter ook uitgebreid tot de fudai daimyo, degenen wier clans al vóór Sekigahara met de Tokugawa's waren verbonden. Een verleden van loyaliteit was geen garantie voor aanhoudend goed gedrag, dus de fudai daimyo moesten ook hun koffers pakken.
Alternatief aanwezigheidssysteem
Onder het alternatieve aanwezigheidssysteem was elke domeinheer verplicht om afwisselend jaren door te brengen in zijn eigen domeinhoofdsteden of het bijwonen van de shogun's rechtbank in Edo. De daimyo moesten in beide steden weelderige huizen onderhouden en moesten betalen om te reizen met hun gevolg en samurai legers tussen de twee plaatsen elk jaar. De centrale regering verzekerde dat de daimyo hieraan voldeden door te eisen dat ze hun vrouwen en eerstgeboren zonen te allen tijde in Edo achterlieten als virtuele gijzelaars van de shogun.
De reden die de shoguns aangaven om de last op de daimyo te leggen, was dat het noodzakelijk was voor de nationale verdediging. Elke daimyo moest een bepaald aantal samurai leveren, berekend op basis van de rijkdom van zijn domein, en om de twee jaar naar de hoofdstad brengen voor militaire dienst. De shoguns voerden deze maatregel echter daadwerkelijk uit om de daimyo bezig te houden en zware kosten op te leggen, zodat de heren niet de tijd en het geld zouden hebben om oorlogen te beginnen. Afwisselend bijwonen was een effectief middel om te voorkomen dat Japan terug zou glijden in de chaos die kenmerkend was voor de Sengoku-periode (1467 - 1598).
Het alternatieve aanwezigheidssysteem had ook een aantal secundaire, misschien ongeplande voordelen Japan. Omdat de heren en hun grote aantal volgers zo vaak moesten reizen, hadden ze goede wegen nodig. Hierdoor groeide in het hele land een systeem van goed onderhouden snelwegen. De hoofdwegen naar elke provincie stonden bekend als de kaido.
De alternatieve aanwezigheidsreizigers stimuleerden ook de economie langs hun hele route door voedsel en onderdak te kopen in de steden en dorpen die ze onderweg naar Edo passeerden. Langs de kaido ontstond een nieuw soort hotel of pension, bekend als honjinen speciaal gebouwd om de daimyo en hun gevolg te huisvesten terwijl ze van en naar de hoofdstad reisden. Het alternatieve aanwezigheidssysteem zorgde ook voor amusement voor het gewone volk. De jaarlijkse processies van de daimyo's heen en weer naar de hoofdstad van de shogun waren feestelijke gelegenheden en iedereen bleek ze te zien passeren. Iedereen houdt tenslotte van een parade.
Afwisselend bijwonen werkte goed voor het Tokugawa Shogunate. Tijdens zijn hele regering van meer dan 250 jaar werd geen enkele Tokugawa-shogun geconfronteerd met een opstand door een van de daimyo. Het systeem bleef van kracht tot 1862, slechts zes jaar voordat de shogun in de Meiji-restauratie. Onder de leiders van de Meiji Restauratiebeweging waren twee van de meest tozama's (buiten) van allemaal de daimyo - de onrustige heren van Chosu en Satsuma, aan de uiterste zuidkant van de belangrijkste Japanners eilanden.