Reptielen zijn een groep viervoetige gewervelde dieren (ook bekend als tetrapoden) die ongeveer 340 miljoen jaar geleden afweken van voorouderlijke amfibieën. Er waren twee kenmerken die vroege reptielen ontwikkelden die hen onderscheiden van hun voorouders van amfibieën en die hen in staat stelden landhabitats meer te koloniseren dan amfibieën. Deze kenmerken zijn schubben en vruchtwatereieren (eieren met een intern vloeistofmembraan).
Krokodilachtigen zijn een groep grote reptielen met alligators, krokodillen, gharials en kaaimannen. Krokodilachtigen zijn formidabele roofdieren met krachtige kaken, een gespierde staart, grote beschermende schubben, gestroomlijnd lichaam en ogen en neusgaten die bovenop hun hoofd zijn geplaatst. Crocodilians verschenen voor het eerst ongeveer 84 miljoen jaar geleden tijdens het Late Krijt en zijn de naaste levende verwanten van de vogels. Krokodilachtigen zijn de afgelopen 200 miljoen jaar weinig veranderd. Er leven tegenwoordig ongeveer 23 soorten krokodilachtigen.
Squamates zijn de meest diverse van alle reptielengroepen, met ongeveer 7.400 levende soorten. Squamates omvatten hagedissen, slangen en wormhagedissen. Squamates verscheen voor het eerst in het fossielenarchief tijdens het midden van de Jura en bestond waarschijnlijk vóór die tijd. Het fossielenbestand voor squamaten is vrij schaars. Moderne squamaten ontstonden ongeveer 160 miljoen jaar geleden, tijdens de late Jura-periode. De vroegste hagedisfossielen zijn tussen de 185 en 165 miljoen jaar oud.
Tuatara is een groep reptielen die qua uiterlijk op een hagedis lijken, maar ze verschillen van de squamaten doordat hun schedel niet is verbonden. Tuatara was ooit wijdverbreid, maar vandaag zijn er nog maar twee soorten tuatara over. Hun bereik is nu beperkt tot slechts een paar eilanden in Nieuw-Zeeland. De eerste tuatara verscheen tijdens het Mesozoïcum, ongeveer 220 miljoen jaar geleden, ongeveer op hetzelfde moment dat de eerste dinosauriërs verschenen. De naaste verwanten van de tuatara zijn de squamates.
Schildpadden behoren tot de oudste van de huidige reptielen en zijn weinig veranderd sinds ze voor het eerst zo'n 200 miljoen jaar geleden verschenen. Ze hebben een beschermende schaal die hun lichaam omsluit en bescherming en camouflage biedt. Schildpadden leven in terrestrische, zoetwater- en mariene habitats en komen zowel in tropische als gematigde streken voor. De eerste schildpadden verschenen meer dan 220 miljoen jaar geleden tijdens het late trias. Sinds die tijd zijn schildpadden weinig veranderd en het is heel goed mogelijk dat moderne schildpadden sterk lijken op diegenen die in de tijd van de dinosaurussen over de aarde zwierven.