Zoals alle wetenschappers bouwde Darwin voort op het onderzoek van velen wetenschappers die hem voorgingen. Zelfs oude filosofen kwamen met verhalen en ideeën die als de basis van evolutie zouden worden beschouwd. Dus waarom krijgt Darwin de eer om met de Theory of Evolution te komen? Hij was de eerste die niet alleen de theorie publiceerde, maar ook bewijs en een mechanisme (natuurlijke selectie) voor hoe evolutie plaatsvindt. Opgemerkt moet worden dat Darwins oorspronkelijke publicatie over natuurlijke selectie en evolutie eigenlijk een gezamenlijke paper was met Alfred Russel Wallace, maar na een gesprek met de geoloog Charles LyellDarwin ging snel achter Wallace's rug om een samenvatting te schrijven en zijn misschien wel beroemdste werk te publiceren Over de herkomst van soorten.
De gegevens en geschriften van Charles Darwin werden in 1858 gedeeld tijdens de jaarlijkse bijeenkomst van de Linnaean Society of London. Het was eigenlijk Charles Lyell die Darwins werk met de gepubliceerde gegevens van Alfred Russel Wallace verzamelde en op de agenda zette voor de vergadering. Het idee van evolutie door natuurlijke selectie werd op zijn best begroet met een lauwe ontvangst. Darwin had zijn werk nog niet willen publiceren, omdat hij de stukken nog steeds samenbracht om een overtuigend argument te maken. Een jaar later publiceerde hij
Over de herkomst van soorten. Het boek, dat vol stond met bewijsmateriaal en postuleerde over hoe soorten veranderen in de tijd, werd breder geaccepteerd dan de oorspronkelijke publicatie van de ideeën. Hij ondervond echter nog steeds enige weerstand en zou het boek verder bewerken en meerdere keren meer bewijs en ideeën toevoegen tot hij stierf in 1882.In tegenstelling tot wat vaak wordt gedacht, was Charles Darwin geen atheïst. Op een gegeven moment studeerde hij zelfs om predikant te worden. Zijn vrouw, Emma Wedgwood Darwin, was een vrome christen en was zeer betrokken bij de Church of England. Darwin's bevindingen veranderden zijn geloof in de loop der jaren echter. In brieven van Darwin omschreef hij zichzelf tegen het einde van zijn leven als 'agnostisch'. Veel van zijn geloofsverandering was eigenlijk geworteld in de lange, pijnlijke ziekte en dood van zijn dochter, niet noodzakelijkerwijs zijn werk met evolutie. Hij geloofde wel dat religie of geloof een belangrijk onderdeel was van het menselijk bestaan en bespotte of misgooide nooit iemand die wilde geloven. Hij werd vaak geciteerd omdat hij zei dat er een mogelijkheid was van een soort van hogere macht, maar dat deed hij niet meer volgde het christendom en het deed hem pijn dat hij niet kon geloven in zijn favoriete boeken in de Bijbel: de Evangeliën. De liberale Unitaristische Kerk omarmde Darwin en zijn ideeën eigenlijk met lof en begon de ideeën van evolutie op te nemen in hun geloofssysteem.
Deze misvatting over Charles Darwin lijkt voort te komen uit de titel van zijn misschien wel beroemdste boek Over de herkomst van soorten. Hoewel die titel lijkt te wijzen op een uitleg over hoe het leven is begonnen, is dat niet het geval. Darwin denkt niet na over hoe het leven op aarde is begonnen, want dat viel buiten het bereik van zijn gegevens. In plaats daarvan schetst het boek het idee van hoe soorten in de loop van de tijd veranderen door natuurlijke selectie. Hoewel het veronderstelt dat al het leven op de een of andere manier gerelateerd is aan een gemeenschappelijke voorouder, probeert Darwin niet uit te leggen hoe die gemeenschappelijke voorouder tot stand is gekomen. Darwins evolutietheorie was gebaseerd op wat moderne wetenschappers zouden beschouwen als macro-evolutie en biologische diversiteit dan micro-evolutie en de bouwstenen van het leven.
Darwin had moeite om te beslissen of hij zijn gedachten al dan niet wilde opnemen menselijke evolutie in zijn publicaties. Hij wist dat ze controversieel zouden zijn en hoewel hij wat oppervlakkig bewijs en veel intuïtie over het onderwerp had, schuwde hij aanvankelijk de uitleg over hoe mensen waren geëvolueerd. Uiteindelijk schreef hij The Descent of Man en legde zijn hypothese uit over hoe mensen evolueerden. Hij heeft echter nooit gezegd dat mensen uit apen zijn geëvolueerd en deze verklaring toont een algemeen misverstand over het concept van evolutie. Mensen zijn verwant aan primaten, zoals apen, aan de levensboom. Mensen zijn echter geen directe afstammelingen van apen of apen en behoren tot een andere tak van de stamboom. Het zou nauwkeuriger zijn om te zeggen dat mensen en apen neven en nichten zijn om het in vertrouwde bewoordingen te zeggen.