Watergemeenschappen zijn 's werelds belangrijkste waterhabitats. Leuk vinden land biomenkunnen aquatische gemeenschappen ook worden onderverdeeld op basis van gemeenschappelijke kenmerken. Twee veel voorkomende aanduidingen zijn zoetwater- en mariene gemeenschappen.
Zoetwatergemeenschappen
Rivieren en beekjes zijn waterlichamen die continu in één richting bewegen. Beiden zijn snel veranderende gemeenschappen. De bron van de rivier of beek verschilt doorgaans aanzienlijk van het punt waar de rivier of beek leegloopt. In deze zoetwatergemeenschappen zijn verschillende planten en dieren te vinden, waaronder forel, algen, cyanobacteriën, schimmels, en natuurlijk verschillende vissoorten.
Estuaria zijn de gebieden waar zoetwaterstromen of rivieren de oceaan ontmoeten. Deze zeer productieve regio's bevatten een zeer divers planten- en dierenleven. De rivier of beek bevat meestal veel voedingsstoffen uit binnenlandse bronnen, waardoor estuaria deze rijke diversiteit en hoge productiviteit kunnen ondersteunen. Estuaria zijn voeder- en broedplaatsen voor verschillende dieren, waaronder watervogels,
reptielen, zoogdierenen amfibieën.Meren en vijvers zijn staande watermassa's. Veel beken en rivieren eindigen in meren en vijvers. Fytoplankton wordt meestal gevonden in de bovenste lagen. Omdat licht slechts tot bepaalde diepten wordt geabsorbeerd, fotosynthese komt alleen voor in de bovenste lagen. Meren en vijvers ondersteunen ook een verscheidenheid aan planten- en dierenleven, waaronder kleine vissen, artemia, waterinsecten en talloze plantensoorten.
Mariene gemeenschappen
Oceanen beslaat ongeveer 70% van het aardoppervlak. Mariene gemeenschappen zijn moeilijk in afzonderlijke typen te verdelen, maar kunnen worden geclassificeerd op basis van de mate van lichtpenetratie. De eenvoudigste classificatie bestaat uit twee verschillende zones: de photic en afotisch zones. De fotische zone is de lichtzone of het gebied vanaf het wateroppervlak tot de diepten waarop de lichtintensiteit slechts ongeveer 1 procent is van die aan het oppervlak. Fotosynthese vindt plaats in deze zone. Het overgrote deel van het zeeleven bestaat in de fotische zone. De afotische zone is een gebied dat weinig of geen zonlicht ontvangt. De omgeving in deze zone is extreem donker en koud. Organismen die in de afotische zone leven, zijn vaak bioluminescent of zijn extremofielen en bedreven in het leven in extreme omgevingen. Net als bij de andere gemeenschappen leven er verschillende organismen in de oceaan. Sommige bevatten schimmels, sponzen, zeesterzeeanemonen, vis, krabben, dinoflagellaten, groene algen, zeezoogdieren, en gigantische kelp.