Zodat verschillende soorten kunnen afwijken van gemeenschappelijke voorouders en rijden evolutiemoet reproductieve isolatie optreden. Er zijn verschillende soorten reproductieve isolatie die tot soortvorming leiden. Een van de meest gebruikelijke methoden is prezygote isolatie die plaatsvindt voordat bemesting plaatsvindt gameten en voorkomt dat verschillende soorten seksueel reproduceerbaar. Kortom, als individuen zich niet kunnen voortplanten, worden ze als anders beschouwd soorten en divergeren op de levensboom.
Er zijn verschillende soorten prezygote isolatie die variëren van incompatibiliteit van gameten tot gedrag die resulteren in onverenigbaarheid en zelfs een soort isolatie die individuen fysiek belemmert fokken.
Mechanische isolatie - de onverenigbaarheid van geslachtsorganen - is waarschijnlijk de eenvoudigste manier om te voorkomen dat individuen zich met elkaar voortplanten. Of het nu gaat om de vorm van de voortplantingsorganen, de locatie of verschillen in grootte die verbieden individuen om te koppelen, wanneer de geslachtsorganen niet in elkaar passen, is paring niet waarschijnlijk optreden.
In planten werkt mechanische isolatie iets anders. Omdat grootte en vorm niet relevant zijn voor de reproductie van planten, is mechanische isolatie meestal het gevolg van het gebruik van een andere bestuiver voor de planten. Bijvoorbeeld een plant waar gestructureerd voor is bijenbestuiving zal niet compatibel zijn met bloemen die afhankelijk zijn kolibries om hun stuifmeel te verspreiden. Hoewel dit nog steeds het gevolg is van verschillende vormen, is het niet de vorm van de daadwerkelijke gameten die telt, maar eerder de onverenigbaarheid van de bloemvorm en de bestuiver.
Verschillende soorten hebben verschillende broedseizoenen. De timing van vruchtbaarheidscycli bij vrouwen kan leiden tot temporele isolatie. Vergelijkbare soorten zijn mogelijk fysiek compatibel, maar reproduceren mogelijk nog steeds niet vanwege hun paarseizoenen die zich op verschillende tijdstippen van het jaar voordoen. Als de vrouwtjes van één soort gedurende een bepaalde maand vruchtbaar zijn, maar de mannetjes zich in die tijd van het jaar niet kunnen voortplanten, kan dat leiden tot reproductieve isolatie tussen de twee soorten.
Soms overlappen de paarseizoenen van zeer vergelijkbare soorten elkaar enigszins. Dit geldt vooral als de soort in verschillende gebieden leeft en er geen kans is op hybridisatie. Er is echter aangetoond dat vergelijkbare soorten die in hetzelfde gebied leven over het algemeen geen fasen van overlappende paring hebben, zelfs als ze dat wel doen in uiteenlopende omgevingen. Hoogstwaarschijnlijk is dit een aanpassingskarakter dat bedoeld is om de concurrentie om middelen en partners te verminderen.
Een ander type prezygote isolatie tussen soorten heeft te maken met het gedrag van de individuen, en in het bijzonder met het gedrag rond de paringstijd. Zelfs als twee populaties van verschillende soorten zowel mechanisch als tijdelijk compatibel zijn, hun feitelijk paringsritueel gedrag zou voldoende kunnen zijn om de soort in reproductieve isolatie van één te houden een andere.
Paringsrituelen, samen met ander noodzakelijk paringsgedrag - zoals paringsoproepen en dansen - zijn zeer noodzakelijk voor mannen en vrouwen van dezelfde soort om aan te geven dat het tijd is om zich voort te planten. Als het paringsritueel wordt afgewezen of niet wordt herkend, zal er geen paring plaatsvinden en wordt de soort reproductief geïsoleerd van elkaar.
Bijvoorbeeld de blauwvoetige domoor vogel heeft een zeer uitgebreide paringsdans die de mannetjes moeten uitvoeren om het vrouwtje na te jagen. Het vrouwtje accepteert of verwerpt de avances van het mannetje, maar andere vogelsoorten die dat niet hebben paringsdans wordt volledig genegeerd door het vrouwtje - wat betekent dat ze geen kans hebben om zich voort te planten met een blauwvoetige vrouw domoor.
Zelfs zeer nauw verwante soorten hebben voorkeuren met betrekking tot waar ze leven en waar ze zich voortplanten. Soms zijn deze voorkeurslocaties voor reproductieve gebeurtenissen niet compatibel met soorten, wat leidt tot wat bekend staat als habitatisolatie. Het is duidelijk dat als individuen van twee verschillende soorten niet in de buurt van elkaar leven, er geen gelegenheid is om zich voort te planten. Dit type reproductieve isolatie leidt tot nog meer soortvorming.
Het is echter mogelijk dat zelfs verschillende soorten die in dezelfde omgeving leven, niet compatibel zijn vanwege hun favoriete reproductieplaats. Sommige vogels geven de voorkeur aan een bepaald type boom, of zelfs verschillende delen van dezelfde boom, om hun eieren te leggen en hun nest te maken. Als er vergelijkbare vogelsoorten in het gebied zijn, zullen ze verschillende locaties kiezen en niet kruisen. Dit houdt de soort gescheiden en kan niet met elkaar voortplanten.
Gametische isolatie zorgt ervoor dat alleen sperma van dezelfde soort het ei van die soort kan binnendringen en geen andere. Tijdens seksuele reproductie wordt het vrouwelijke ei versmolten met het mannelijke sperma en samen creëren ze een zygote. Als het sperma en het ei niet compatibel zijn, kan er geen bevruchting plaatsvinden. Door sommige chemische signalen die door een ei worden afgegeven, wordt het sperma er misschien niet eens door aangetrokken. Een andere factor die fusie voorkomt, is een sperma dat vanwege zijn eigen chemische samenstelling niet in een ei kan doordringen. Elk van deze redenen is voldoende om fusie te frustreren en de vorming van een zygoot te voorkomen.
Dit type reproductieve isolatie is vooral belangrijk voor soorten die zich extern in water voortplanten. De vrouwtjes van de meeste vissoorten laten bijvoorbeeld hun eieren eenvoudig los in het water van hun favoriete broedplaats. Mannelijke vissen van die soort komen dan langs en laten hun sperma over de eieren los om ze te bevruchten. Omdat dit echter in een vloeibare omgeving plaatsvindt, wordt een deel van het sperma door watermoleculen weggeveegd en verspreid. Als er geen gametische isolatiemechanismen waren, zou elk sperma met elk ei kunnen samensmelten, wat zou resulteren in hybriden van welke soort dan ook die daar in het water zouden paren.