TAE-buffer is een oplossing die bestaat uit Tris-base, azijnzuur en EDTA (Tris-acetaat-EDTA). Het is van oudsher de meest gebruikte buffer voor agarosegel elektroforese in de analyses van DNA-producten die daaruit voortvloeien PCR versterking, DNA zuiveringsprotocollen of DNA klonen experimenten.
Deze buffer heeft een lage ionsterkte en een lage buffercapaciteit. Het is het meest geschikt voor elektroforese van grote (> 20 kilobasen) stukjes DNA en moet regelmatig worden vervangen of opnieuw worden gecirculeerd voor langere (> 4 uur) gellooptijden. Met dat in gedachten, kunt u overwegen om meerdere batches van de buffer te maken.
Aangezien de buffer gemakkelijk te maken is en de stappen snel kunnen worden uitgevoerd, zou het niet bijzonder tijdrovend of moeilijk moeten zijn om meer dan één batch tegelijk te maken. Met behulp van de onderstaande instructies duurt het slechts 30 minuten om de TAE-buffer te maken.
Wat je nodig hebt voor de TAE-buffer
Aangezien het maken van de TAE-buffer slechts een snelle en eenvoudige set instructies vereist, is het aantal benodigde materialen niet overdreven. Je hebt alleen EDTA (ethyleendiaminetetraazijnzuur) dinatriumzout, Tris-base en ijsazijn nodig.
Het maken van de buffer vereist ook een pH-meter en kalibratiestandaarden, indien van toepassing. Je hebt ook bekers of kolven van 600 milliliter en 1500 milliliter nodig, evenals maatcilinders. Ten slotte heb je gedeïoniseerd water, roerstaven en roerplaten nodig.
In de volgende instructies wordt het formulegewicht (de atoommassa van elk element vermenigvuldigd met het aantal atomen en vervolgens de massa van elk bij elkaar opgeteld) afgekort als FW.
Bereid een voorraadoplossing van EDTA voor
Een EDTA-oplossing wordt van tevoren voorbereid. EDTA gaat pas volledig in een oplossing als de pH is aangepast tot ongeveer 8,0. Voor een voorraad van 500 milliliter oplossing van 0,5 M (molariteit of concentratie) EDTA, weegt 93,05 gram EDTA dinatriumzout af (FW = 372,2). Los het op in 400 ml gedeïoniseerd water en pas de pH aan met natriumhydroxide (NaOH). Vul de oplossing bij tot een eindvolume van 500 milliliter.
Creëer uw eigen stockoplossing
Maak een geconcentreerde (50x) voorraadoplossing van TAE door 242 gram Tris-basis (FW = 121.14) af te wegen en op te lossen in ongeveer 750 milliliter gedeïoniseerd water. Voeg voorzichtig 57,1 milliliter ijszuur en 100 milliliter 0,5 M EDTA (pH 8,0) toe.
Pas daarna de oplossing aan tot een eindvolume van 1 liter. Deze voorraadoplossing kan bij kamertemperatuur worden bewaard. De pH van deze buffer is niet aangepast en zou ongeveer 8,5 moeten zijn.
Bereid een werkende oplossing van TAE-buffer voor
De werkoplossing van 1x TAE-buffer wordt gemaakt door de voorraadoplossing eenvoudig 50x te verdunnen in gedeïoniseerd water. Uiteindelijke opgeloste concentraties zijn 40 mM (millimolair) Tris-acetaat en 1 mM EDTA. De buffer is nu klaar voor gebruik bij het laten lopen van een agarosegel.
Afsluiten
Controleer de inventaris voordat u begint om er zeker van te zijn dat u al het bovenstaande materiaal voor de TAE-buffer heeft. Uw toeleveringspersoneel moet u kunnen vertellen of ze alle artikelen die u nodig heeft op voorraad hebben. U wilt niet midden in de procedure iets missen.