Spaanse veroveraars bereikten de eilanden van de Filippijnen in 1521. Ze noemden het land naar Koning Philip II van Spanje in 1543, onder druk zetten om de archipel te koloniseren ondanks tegenslagen als de dood van Ferdinand magellan, gedood in de strijd door de troepen van Lapu-Lapu op Mactan Island.
Van 1565 tot 1821 regeerde de onderkoninkrijk Nieuw-Spanje de Filippijnen vanuit Mexico-Stad. In 1821 werd Mexico onafhankelijk en nam de Spaanse regering in Madrid de controle over de Filippijnen over.
In de periode tussen 1821 en 1900 nam het Filippijnse nationalisme wortel en groeide het uit tot een actieve anti-imperialistische revolutie. Toen de Verenigde Staten Spanje versloegen in de Spaans-Amerikaanse oorlog van 1898 werden de Filippijnen niet onafhankelijk, maar werden ze in Amerikaanse handen. Als gevolg hiervan veranderde de guerrillaoorlog tegen het buitenlandse imperialisme eenvoudigweg het doelwit van zijn woede van de Spaanse overheersing in de Amerikaanse overheersing.
Drie belangrijke leiders inspireerden of leidden de Filippijnse Onafhankelijkheidsbeweging. De eerste twee - Jose Rizal en Andres Bonifacio - zouden hun jonge leven voor de zaak geven. De derde, Emilio Aguinaldo, overleefde niet alleen de eerste president van de Filippijnen, maar leefde ook tot halverwege de jaren 90.
Jose Rizal was een briljante en veelzijdige man. Hij was arts, romanschrijver en oprichter van La Liga, een vreedzame anti-koloniale drukgroep die in 1892 maar één keer bijeenkwam voordat de Spaanse autoriteiten Rizal arresteerden.
Jose Rizal inspireerde zijn volgelingen, waaronder de vurige rebel Andres Bonifacio, die die ene originele La Liga-bijeenkomst bijwoonde en de groep herstelde na de arrestatie van Rizal. Bonifacio en twee medewerkers probeerden ook Rizal in de zomer van 1896 te redden van een Spaans schip in de haven van Manilla. In december werd de 35-jarige Rizal echter berecht in een nep-tribunaal en geëxecuteerd door een Spaans vuurpeloton.
Andres Bonifacio, uit een verarmd gezin uit de lagere middenklasse in Manilla, sloot zich aan bij Jose Rizal vreedzame La Liga-groep, maar vond ook dat de Spanjaarden door de Filippijnen moesten worden verdreven dwingen. Hij richtte de Katipunan-rebellengroep op, die in 1896 onafhankelijk werd van Spanje en Manilla omringde met guerrillastrijders.
Bonifacio was behulpzaam bij het organiseren en stimuleren van de oppositie tegen de Spaanse overheersing. Hij verklaarde zichzelf president van de nieuwe onafhankelijke Filippijnen, hoewel zijn claim door geen enkel ander land werd erkend. Zelfs andere Filippijnse rebellen betwistten het recht van Bonifacio op het presidentschap, aangezien de jonge leider geen universitair diploma had.
Slechts een jaar nadat de Katipunan-beweging haar opstand begon, werd Andres Bonifacio op 34-jarige leeftijd geëxecuteerd door een mede-rebel, Emilio Aguinaldo.
De familie van Emilio Aguinaldo was relatief rijk en bezat de politieke macht in de stad Cavite, op een smal schiereiland dat uitsteekt in de Baai van Manilla. Aguinaldo's relatief bevoorrechte situatie bood hem de mogelijkheid om een goede opleiding te volgen, net zoals Jose Rizal had gedaan.
Aguinaldo sloot zich in 1894 aan bij de Katipunan-beweging van Andres Bonifacio en werd generaal van het Cavite-gebied toen in 1896 een open oorlog uitbrak. Hij had meer militair succes dan Bonifacio en keek neer op de zelfbenoemde president vanwege zijn gebrek aan opleiding.
Deze spanning bereikte een hoogtepunt toen Aguinaldo de verkiezingen vervalste en zichzelf tot president verklaarde in plaats van Bonifacio. Tegen het einde van datzelfde jaar zou Aguinaldo Bonifacio laten executeren na een schijnproces.
Aguinaldo ging eind 1897 in ballingschap, nadat hij zich aan de Spanjaarden had overgegeven, maar werd teruggebracht naar de Filippijnen door Amerikaanse troepen in 1898 om mee te doen aan de strijd die Spanje na bijna vier eeuwen verdreef. Aguinaldo werd erkend als de eerste president van de onafhankelijke Republiek der Filipijnen, maar was dat wel opnieuw als rebellenleider de bergen in gedwongen toen de Filipijns-Amerikaanse oorlog uitbrak 1901.