De omstandigheden waaronder soldaten van de Unie gevangen werden genomen, bleven bij de Confederatie Andersonville Prison waren verschrikkelijk. Tijdens de 18 maanden dat de gevangenis in werking was, stierven bijna 13.000 vakbondsoldaten ondervoeding, ziekte en blootstelling aan de elementen als gevolg van onmenselijke behandeling door de commandant van Andersonville Henry Wirz. Het zou dus geen verrassing moeten zijn dat zijn vervolging van oorlogsmisdaden na de capitulatie van het Zuiden het bekendste proces is dat het gevolg is van de Burgeroorlog. Maar het is niet zo algemeen bekend dat er bijna duizend andere militaire vervolgingen van Zuidelijken waren. Veel hiervan waren het gevolg van de slechte behandeling van gevangengenomen soldaten van de Unie.
Henry Wirz
Henry Wirz nam het bevel over de Andersonville-gevangenis op 27 maart 1864, ongeveer een maand nadat de eerste gevangenen daar aankwamen. Een van de eerste handelingen van Wirz was het creëren van een gebied met de naam deadline fence, ontworpen om de veiligheid te vergroten door gevangenen weg te houden van de palissademuur. Elke gevangene die de "deadline" overschreed, werd door de gevangenisbewakers beschoten. Tijdens het bewind van Wirz als commandant gebruikte hij dreigementen om gevangenen in het gareel te houden. Toen de dreigingen niet leken te werken, gaf Wirz opdracht aan wachtposten om gevangenen neer te schieten. In
Mei 1865Wirz werd gearresteerd in Andersonville en overgebracht naar Washington, D.C. wachten op berechting. Wirz werd berecht wegens samenzwering om gevangengenomen soldaten te verwonden en / of te doden door hen ten onrechte de toegang tot voedsel, medische benodigdheden en kleding te ontzeggen. Hij werd ook beschuldigd van moord voor het persoonlijk executeren van een aantal gevangenen.Ongeveer 150 getuigen getuigden tegen Wirz tijdens zijn militaire proces, dat duurde van 23 augustus tot 18 oktober 1865. Na schuldig te zijn bevonden aan alle beschuldigingen tegen hem, werd Wirz ter dood veroordeeld en op 10 november 1865 opgehangen.
James Duncan
James Duncan was een andere officier uit de gevangenis van Andersonville die ook werd gearresteerd. Duncan, die was toegewezen aan het kantoor van de kwartiermeester, werd veroordeeld wegens doodslag omdat hij opzettelijk voedsel aan de gevangenen had onthouden. Hij werd veroordeeld tot 15 jaar dwangarbeid, maar ontsnapte nadat hij slechts een jaar van zijn straf had uitgezeten.
Champ Ferguson
Aan het begin van de burgeroorlog was Champ Ferguson een boer in Oost-Tennessee. De bevolking van dit gebied was redelijk gelijk verdeeld tussen het steunen van de Unie en de Confederatie. Ferguson organiseerde een guerrillabedrijf dat sympathisanten van de Unie aanviel en doodde. Ferguson trad ook op als verkenner voor kolonel John Hunt Morgan's Kentucky cavalerieen Morgan promoveerde Ferguson tot de rang van Captain of Partisan Rangers. Het Zuidelijke Congres nam een maatregel aan, de Partisan Ranger Act, die de aanwerving van onregelmatige dienstplichtigen mogelijk maakte. Opgemerkt moet worden dat, vanwege een gebrek aan discipline bij Partisan Rangers, generaal Robert E. Lee riep op tot intrekking van de wet door het Verbonden Congres in februari 1864. Na een proces voor een militair tribunaal werd Ferguson veroordeeld voor het doden van meer dan 50 gevangengenomen Unie-soldaten. Hij werd geëxecuteerd door ophanging in oktober 1865.
Robert Kennedy
Robert Kennedy was een Zuidelijke officier die was gevangengenomen door troepen van de Unie en gevangen zat in de militaire gevangenis van Johnson's Island. De gevangenis bevond zich in Sandusky Bay, aan de kust van Lake Erie, op slechts enkele kilometers van Sandusky, Ohio. Kennedy ontsnapte in oktober 1864 van Johnson's Island en begaf zich naar Canada, dat neutraal bleef aan beide kanten. Kennedy ontmoette verschillende Zuidelijke officieren die Canada gebruikten als lanceerplatform om oorlogshandelingen tegen de Unie te voeren. Hij nam deel aan een complot om branden te starten in tal van hotels, maar ook in een museum en een theater in New York City, met de bedoeling de lokale autoriteiten te overweldigen. Alle branden zijn snel gedoofd of hebben geen schade aangericht. Kennedy was de enige die werd gevangengenomen. Na een proces voor een militair tribunaal werd Kennedy in maart 1865 geëxecuteerd door ophanging.