Bij de verkiezingen van 1800 waren er geen 'officiële' vice-presidentskandidaten. Volgens de Amerikaanse grondwet maakten de kiezers twee keuzes voor de president en wie de meeste stemmen kreeg, werd president. De persoon met de op één na meeste stemmen werd vice-president. Dit zou veranderen met de goedkeuring van het 12e amendement.
Ondanks dat er geen officiële vice-presidentskandidaat was, liep Thomas Jefferson met Aaron Burr als zijn running mate. Hun 'ticket' kreeg de meeste stemmen en de keuze van de president werd aan de kiezers gegeven. John Adams werd gepaard met Pinckney of Jay. Volgens het Nationaal Archief werd er echter geen officieel register bijgehouden van het aantal populaire stemmen.
Er was een verkiezingsstemming tussen Thomas Jefferson en Aaron Burr met elk 73 stemmen. Hierdoor mocht de Tweede Kamer beslissen wie president en wie vice-president zou worden. Door een intense campagne van Alexander HamiltonThomas Jefferson werd na 35 stemmen gekozen boven Aaron Burr. Hamilton's acties zouden een factor zijn die leidde tot zijn dood in een duel met Burr in 1804.