Joseph Eggleston Johnston werd geboren op 3 februari 1807, in de buurt van Farmville, VA. De zoon van rechter Peter Johnston en zijn vrouw Mary, hij werd genoemd naar majoor Joseph Eggleston, de commandant van zijn vader tijdens de Amerikaanse revolutie. Johnston was ook familie van gouverneur Patrick Henry via de familie van zijn moeder. In 1811 verhuisde hij met zijn gezin naar Abingdon nabij de grens met Tennessee in het zuidwesten van Virginia.
Lokaal opgeleid, werd Johnston in 1825 toegelaten tot West Point na te zijn voorgedragen door minister van Oorlog John C. Calhoun. Een lid van dezelfde klasse als Robert E. Lee, hij was een goede student en studeerde af in 1829, gerangschikt 13 van 46. Johnston kreeg de opdracht als tweede luitenant en kreeg een opdracht bij de 4th US Artillery. In maart 1837 verliet hij het leger om civiele techniek te gaan studeren.
Vooroorlogse carrière
Later dat jaar nam Johnston deel aan een landmeetkundige expeditie naar Florida als civiel topografisch ingenieur. Onder leiding van luitenant William Pope McArthur arriveerde de groep tijdens de
Tweede Seminole War. Op 18 januari 1838 werden ze aangevallen door de Seminoles terwijl ze aan land waren in Jupiter, FL. Tijdens de gevechten werd Johnston in de hoofdhuid geweekt en werd McArthur in de benen gewond. Later beweerde hij dat er "maar liefst 30 kogelgaten" in zijn kleding zaten. Na het incident besloot Johnston zich weer bij het Amerikaanse leger te voegen en reisde in april naar Washington, DC. Benoemd tot eerste luitenant van topografische ingenieurs op 7 juli, werd hij onmiddellijk tot kapitein benoemd voor zijn acties bij Jupiter.In 1841 verhuisde Johnston naar het zuiden om deel te nemen aan het onderzoeken van de grens tussen Texas en Mexico. Vier jaar later trouwde hij met Lydia Mulligan Sims McLane, de dochter van Louis McLane, president van de Spoorweg van Baltimore en Ohio en vooraanstaand voormalig politicus. Hoewel het paar getrouwd was tot aan haar dood in 1887, had het nooit kinderen. Een jaar na Johnstons huwelijk werd hij in actie geroepen bij het uitbreken van de Mexicaans-Amerikaanse oorlog. Serveren met Generaal-majoor Winfield Scott's leger in 1847 nam Johnston deel aan de campagne tegen Mexico City. Aanvankelijk behoorde hij tot de staf van Scott, maar diende later als tweede in bevel van een regiment lichte infanterie. In deze rol verdiende hij lof voor zijn prestaties tijdens de Battles of Contreras en Churubusco. Tijdens de campagne werd Johnston tweemaal geprezen voor moed, bereikte de rang van luitenant-kolonel en raakte zwaar gewond door een druivenschot op de Slag bij Cerro Gordo en werd opnieuw geraakt bij Chapultepec.
Interbellum
Johnston keerde na het conflict terug naar Texas en was van 1848 tot 1853 de belangrijkste topografische ingenieur van het ministerie van Texas. Gedurende deze tijd begon hij met het schrijven van een serie brieven van minister van Oorlog Jefferson Davis waarin hij verzocht om terugplaatsing naar een actief regiment en ruzie maakte over zijn beknopt gelederen uit de oorlog. Deze verzoeken werden grotendeels afgewezen, hoewel Davis Johnston in 1855 luitenant-kolonel van de nieuw gevormde 1st US Cavalry in Fort Leavenworth, KS, had aangesteld. Onder dienen Kolonel Edwin V. Sumnernam hij deel aan campagnes tegen de Sioux en hielp hij de Bleeding Kansas-crisis te onderdrukken. Johnston kreeg in 1856 het bevel over Jefferson Barracks, MO, en nam deel aan expedities om de grenzen van Kansas te onderzoeken.
De burgeroorlog
Na zijn dienst in Californië werd Johnston gepromoveerd tot brigadegeneraal en werd hij kwartiermeester-generaal van het Amerikaanse leger op 28 juni 1860. Met het begin van de Burgeroorlog in april 1861 en afscheiding van zijn geboorteland Virginia, nam Johnston ontslag uit het Amerikaanse leger. Johnston, de hoogste officier die het Amerikaanse leger verliet voor de Confederatie, werd aanvankelijk benoemd tot majoor generaal in de militie van Virginia voordat hij in mei een commissie als brigadegeneraal in het Geconfedereerde Leger accepteerde 14. Verzonden naar Harper's Ferry, nam hij het bevel over troepen die zich onder bevel van hadden verzameld Kolonel Thomas Jackson.
Nagesynchroniseerd het Leger van de Shenandoah, Johnston's bevel snelde in juli naar het oosten om te helpen Brigadegeneraal P.G.T. Beauregard's Army of the Potomac tijdens de Eerste Battle of Bull Run. Aangekomen op het veld hielpen de mannen van Johnston het tij van de gevechten te keren en behaalden een Zuidelijke overwinning. In de weken na het gevecht hielp hij met het ontwerpen van de beroemde Confederate Battle Flag voordat hij in augustus promotie kreeg tot generaal. Hoewel zijn promotie met terugwerkende kracht tot 4 juli was, was Johnston boos dat hij jonger was dan Samuel Cooper, Albert Sidney Johnston, en Lee.
Het schiereiland
Als hoogste officier die het Amerikaanse leger verliet, was Johnston er vast van overtuigd dat hij de hogere officier in het Geconfedereerde Leger had moeten zijn. Ruzies met de nu verbonden president Jefferson Davis over dit punt verzwakten hun relatie verder en de twee mannen werden effectief vijanden voor de rest van het conflict. Johnston, onder bevel van het Army of the Potomac (later Army of Northern Virginia), trok in het voorjaar van 1862 naar het zuiden om af te rekenen met Generaal-majoor George McClellan's schiereilandcampagne. Aanvankelijk blokkeerde de troepen van de Unie bij Yorktown en tijdens gevechten bij Williamsburg begon Johnston zich langzaam terug te trekken naar het westen.
In de buurt van Richmond moest hij stelling nemen en viel het leger van de Unie aan Zeven dennen op 31 mei. Hoewel hij de opmars van McClellan stopte, raakte Johnston ernstig gewond aan schouder en borst. Naar achteren genomen om te herstellen, kreeg Lee het bevel over het leger. Johnston werd bekritiseerd omdat hij voor Richmond terrein had gemaakt en was een van de weinigen die dat onmiddellijk had ingezien de Confederatie miste het materiaal en de mankracht van de Unie en hij werkte om deze beperkte activa te beschermen. Dientengevolge, gaf zijn vaak overgegeven terrein terwijl hij probeerde zijn leger te beschermen en voordelige posities te vinden om tegen te vechten.
In het westen
Herstellend van zijn verwondingen kreeg Johnston het bevel over het Departement van het Westen. Vanuit deze functie hield hij toezicht op de acties van Generaal Braxton Bragg's Army of Tennessee en Luitenant-generaal John Pemberton's bevel in Vicksburg. Met Generaal-majoor Ulysses S. Verlenen Johnston voerde campagne tegen Vicksburg en wilde dat Pemberton zich met hem zou verenigen, zodat hun gezamenlijke strijdmacht het leger van de Unie zou kunnen verslaan. Dit werd geblokkeerd door Davis, die wilde dat Pemberton binnen de Vicksburg-verdediging bleef. Johnston miste de mannen om Grant uit te dagen en werd gedwongen Jackson, MS te evacueren, waardoor de stad kon worden ingenomen en verbrand.
Met Grant Vicksburg belegeren, Johnston keerde terug naar Jackson en werkte om een hulpkracht op te bouwen. Hij vertrok begin juli naar Vicksburg en vernam dat de stad op 4 juli was gecapituleerd. Terugvallen op Jackson, werd hij later die maand door de stad verdreven Generaal-majoor William T. Sherman. Die herfst, na zijn nederlaag bij de Slag bij Chattanooga, Vroeg Bragg om opgelucht te zijn. Met tegenzin benoemde Davis Johnston om in december het leger van Tennessee te leiden. Johnston nam het bevel op zich en kwam onder druk van Davis om Chattanooga aan te vallen, maar kon dit niet vanwege een gebrek aan voorraden.
De Atlanta-campagne
Vooruitlopend op het feit dat de troepen van Sherman's Union in Chattanooga in het voorjaar tegen Atlanta zouden optreden, bouwde Johnston een sterke defensieve positie op in Dalton, GA. Toen Sherman in mei begon op te rukken, vermeed hij directe aanvallen op de Zuidelijke verdediging en begon in plaats daarvan een reeks keermanoeuvres die Johnston dwongen positie na positie te verlaten. Johnston gaf tijd vrij en vocht een reeks kleine veldslagen uit op plaatsen als Resaca en New Hope Church. Op 27 juni slaagde hij erin een grote aanval van de Unie tegen te houden Kennesaw Mountain, maar zag Sherman opnieuw rond zijn flank bewegen. Boos door een vermeend gebrek aan agressie, verving Davis op 17 juli controversieel Johnston door Generaal John Bell Hood. Hyper-agressief, Hood viel Sherman herhaaldelijk aan, maar verloor Atlanta in september.
Laatste campagnes
Met geconfedereerde fortuinen die begin 1865 markeerden, werd Davis onder druk gezet om de populaire Johnston een nieuw commando te geven. Benoemd om het Department of South Carolina, Georgia en Florida te leiden, en ook het Department of North Carolina en Zuid-Virginia bezat hij weinig troepen waarmee hij de opmars van Sherman naar het noorden kon blokkeren Savannah. Eind maart verraste Johnston een deel van het leger van Sherman in de Battle of Bentonville, maar werd uiteindelijk gedwongen zich terug te trekken. Leren van Lee's overgave bij Appomattox op 9 april begon Johnston overleveringsgesprekken met Sherman op Bennett Place, NC. Na uitgebreide onderhandelingen gaf Johnston op 26 april de bijna 90.000 troepen in zijn departementen over. Na de overgave gaf Sherman Johnston's uitgehongerde mannen tien dagen rantsoen, een gebaar dat de Zuidelijke commandant nooit vergat.
Latere jaren
Na de oorlog vestigde Johnston zich in Savannah, GA, waar hij verschillende zakelijke belangen nastreefde. Hij keerde terug naar Virginia in 1877, diende een termijn in het Congres (1879-1881) en was later commissaris van spoorwegen bij de Cleveland Administration. Kritiek op zijn mede-Zuidelijke generaals, diende hij als drager op de begrafenis van Sherman op 19 februari 1891. Ondanks koud en regenachtig weer weigerde hij een hoed te dragen als teken van respect voor zijn gevallen tegenstander en een longontsteking op te lopen. Na enkele weken vechten tegen de ziekte stierf hij op 21 maart. Johnston werd begraven op Green Mount Cemetery in Baltimore, MD.